Во втором сезоне «Разделения» Марк Скаут продолжает расследование загадочной компании Lumon Industries и её жестокой процедуры разделения памяти. После событий первого сезона, когда Марк и его коллеги Хелли, Ирвинг и Дилан осознали ужасную правду о своём существовании, они сталкиваются с новыми последствиями. Внутренние «инни» начинают проявлять сознание в реальном мире, что приводит к катастрофическим последствиям. Марк узнаёт, что его жена, которую он считал погибшей, на самом деле жива и работает в отделе «Маскарад», где подвергается изощрённым экспериментам. Чтобы спасти её, Марк вынужден сотрудничать с Корбелом, бывшим начальником, который оказывается не тем, кем кажется. Тем временем Хелли (Хелена) сталкивается с моральной дилеммой: она хочет раскрыть правду о Lumon, но её отец, владелец компании, угрожает ей смертью. Ирвинг и Дилан, в свою очередь, обнаруживают секретную лабораторию, где инни подвергаются пыткам во имя «обогащения». Каждая серия раскрывает новые слои корпоративного заговора, где реальность и иллюзия переплетаются до такой степени, что персонажи теряют веру в своё собственное «я».
Во втором сезоне также углубляются темы идентичности и травмы. Марк и его коллеги вынуждены сталкиваться с тем, что их «инни» — не просто бездушные машины, а личности, способные на любовь, гнев и предательство. Особое внимание уделяется сюжетной линии с «разрывом»: когда инни проникают в мир аутти, они оставляют после себя следы, которые гипнотизируют окружающих. Это приводит к массовой панике среди сотрудников Lumon и общественности. Финальные серии показывают, что сама компания — это лишь прикрытие для тайного общества, манипулирующего реальностью через технологию разделения. Марк, наконец, находит способ связаться со своей женой, но её «аутти» (внешняя версия) отказывается от встречи, опасаясь за свою жизнь. В кульминации сезона происходит переворот внутри Lumon: инни захватывают контроль над офисом и пытаются сломать барьер между мирами, что приводит к драматическому клиффхэнгеру — Марк оказывается запертым между двумя реальностями, не зная, кто он на самом деле.
